É responsável por propor, implantar, gerenciar, proteger, fiscalizar e monitorar as Unidades de Conservação Nacionais. É o órgão especializado na administração das áreas protegidas federais, que compreende cerca de 10% do território brasileiro. Cabe a ele ainda desenvolver e executar programas de pesquisa, proteção, preservação e conservação da biodiversidade.